栈S和队列Q的初始状态为空，元素e1、e2、e3、e4、e5和e6依次进入栈S，一个元素出栈后即进入Q，若6个元素出队的序列是e2、e4、e3、e6、e5和e1。

我们可以根据出队的序列来确定进栈的顺序：

1. e2是第一个出队的元素，所以e2一定是第一个进栈的元素。
2. e4是第二个出队的元素，但在e4出队之前，e3已经出队了，所以e4进栈的时候，e3一定已经在栈里了。因此，e3必须在e4之前进栈。
3. e3是第三个出队的元素，但在e3出队之前，e6已经出队了，所以e3进栈的时候，e6一定已经在栈里了。因此，e6必须在e3之前进栈。
4. e6是第四个出队的元素，但在e6出队之前，e5已经出队了，所以e6进栈的时候，e5一定已经在栈里了。因此，e5必须在e6之前进栈。
5. e5是第五个出队的元素，但在e5出队之前，e1已经出队了，所以e5进栈的时候，e1一定已经在栈里了。因此，e1必须在e5之前进栈。

综上所述，进栈的顺序应该是：e1、e2、e4、e3、e5、e6。

由于一个元素出栈后即进入Q，因此栈S的容量至少应该是3，才能存储e1、e2和e4这三个元素。因此，正确答案是B．3。