SMTP (Simple Mail Transfer Protocol) 简单邮件传输协议，是用于在网络上发送电子邮件的标准协议。SMTP 可以实现将邮件从你的一台主机发送到一个邮件服务器。该邮件服务器会查找接收者的邮件服务器，并使用 SMTP 将邮件转发到接收者的邮件服务器。

POP3 (Post Office Protocol version 3) 邮局协议第3版，它是用于接收电子邮件的标准协议。当你用邮件客户端以从邮件服务器上下载邮件时，它通常会使用 POP3 协议。

根据该过程的描述，

阶段①用户1发送邮件到邮件服务器，可通过 SMTP 协议传输。

阶段②邮件服务器发送邮件到用户2的邮件服务器，可通过 SMTP 协议传输。

阶段③用户2从自己的邮件服务器接收邮件，通常会使用 POP3 或 IMAP 协议。

综上所述，可以选择 SMTP、SMTP、POP3 作为阶段①、②、③分别使用的应用层协议。

本题选 D。